長野県のフリースクール助成金と支援制度

先に一番取り違えやすい点をお伝えします。知人の方が受け取っている月15,000円は県ではなく、松本市の制度です。長野県の「信州型フリースクール認証制度」は、県がフリースクールを認証して施設の運営経費を補助する仕組みで、保護者が県に利用料の補助を申請する制度ではありません。保護者が受け取れる利用料の補助は市町村ごとに用意されていて、2026年9月17日時点で当サイトが公式ページを確認できたのは長野市、松本市、諏訪市の3市です。この記事では、県の認証制度が保護者にとって何を意味するか、3市の補助の条件と申請、補助がない市町村での費用の考え方、出席扱い、相談窓口、県内の施設の探し方を順に見ていきます。

長野県が令和6（2024）年4月に創設した制度で、県内のフリースクール等民間施設を県が認証し、財政支援や体制支援をするものです。県の次世代サポート課のページでは「増加する不登校児童生徒等の多様な学びの場の確保・充実を図るため」と説明されています。県が運営する情報ポータルサイト「kikka☆link（きっか・リン）」に制度の概要、認証の手続き、認証されたフリースクールの一覧が載っています。

運営経費の補助と、研修や情報発信などの支援です。補助の中身は職員の人件費が4分の3以内、外部講師の謝金や教材費などの活動費が2分の1以内、賃借料や光熱水費などの施設費が定額で、補助限度額は居場所支援型が年間48万円から60万円、学び支援型が年間140万円から200万円です。お金は施設に出るもので、保護者の口座に入る補助ではありません。保護者にとっての意味は、認証施設は県が定めた基準を満たしていると確認されていること、そして松本市や諏訪市のように「認証施設に通うこと」を市の補助の条件にしている市があることの2点です。

認証には「居場所支援型」と「学び支援型」の2つの区分があり、認証は3年間有効です。主な基準は次のとおりで、全13項目の詳細は県の実施要綱の別表1にあります。

そこは別です。ポータルサイトには「出席扱いは在籍校の判断に委ねられており、フリースクールの取組だけでは解決できないケースであることを考慮する」と書かれていて、認証の基準としても出席扱いの児童生徒がいることは原則問わない設計です。認証は施設の基準を県が確認したというもので、お子さんの出席扱いは在籍校の校長が判断します。出席扱いの仕組みはこの記事の後半で扱います。

2026年9月17日時点でポータルサイトに掲載されているフリースクールは53施設で、そのうち信州型フリースクールとして認証されているのは52施設と表示されています（随時更新中と注記があります）。ポータルでは佐久、上田、諏訪、松本、長野などのエリア別や、居場所支援型・学び支援型の区分、受入状況で絞り込めます。

3市とも対象施設の決め方と上限の考え方が違います。まず県庁所在地の長野市から見ます。

制度名は「フリースクール等民間施設利用料助成事業」で、市のページは2025年11月19日に更新されています。市のページは「就学援助を受けている家庭を対象として、学校以外の場所に居場所を求める児童・生徒がフリースクール等民間施設に通う利用料の一部を助成します」と説明しています。対象になるのは、市内に住所があり、市長が別に定めるフリースクール等民間施設を利用する児童生徒の保護者で、対象期間中に長野市の就学援助を受けている人です。就学援助を受けていることが条件なので、松本市や諏訪市より対象は絞られています。

年度ごとの補助対象経費の2分の1以内で、1,000円未満は切り捨て、1年度あたり156,000円が上限です。市のページの算出例では、年度の利用料が320,000円なら半額の160,000円が上限を超えるので補助額は156,000円、利用料が301,000円なら半額の150,500円から端数を切り捨てて150,000円です。対象経費は施設が利用者から徴収する利用料で、入会金、教材費、食費などは除かれます。医療や福祉の観点から利用料を割り引く別の公的な扶助制度の対象になる経費も対象外です。

市の交付要綱では、長野市が令和5（2023）年4月1日に制定した「長野市不登校児童生徒の出席扱い及び評価等に関するガイドライン」に基づいて、在籍校の校長がその施設での学習活動を出席扱いとみなすことができる民間の施設や団体のうち、市長が別に定めるものとされています。県の認証施設に限定する書き方ではありませんが、通う予定の施設が対象かどうかは、申請前に学校教育課に確認してください。対象児童生徒は長野市内の小学校・中学校に在籍している子どもです。

提出期間は各年度の6月1日から3月15日（必着）までで、7月31日までに申請すればその年度の4月分から、8月1日以降の申請なら申請した月の分からが対象になります。申請と交付は原則として1年度あたり1回ですが、年度内に複数回に対応してもらえる場合があるので、希望するときは申請時に学校教育課へ相談してください。

市のページの条件では対象外です。松本市と諏訪市は就学援助を条件にしていない代わりに、認証施設に通うことを条件にしています。次の節で見ます。

制度名は「フリースクール等利用児童生徒支援事業補助金」で、市のページは2026年6月15日に更新されています。松本市は令和7（2025）年度から、フリースクール等を利用する保護者の経済的負担の軽減を目的に、施設利用料の補助を始めました。補助の対象は県の信州型フリースクール認証制度の認定を受けているフリースクール等に通う児童生徒の利用料で、対象施設は県のポータルサイトで確認するよう案内されています。補助額は各月の補助対象経費の2分の1以内で、1か月あたり上限15,000円（1,000円未満切捨て）です。利用料の支払いを確認したうえで、半年分を11月末頃と4月末頃に支給する形です。

交付申請書と、パンフレットやホームページ画面など利用額が確認できる書類、市税に滞納がない証明書（申請書の同意事項欄に署名すれば提出不要）を学校教育課に出します。締切は3つに分かれていて、令和8（2026）年度の場合、4月から7月に利用を始めた人（前年度からの継続を含む）は令和8年7月24日必着、8月以降に利用を始めた人は利用開始からおおむね30日以内、年度末の締切は令和9（2027）年3月19日必着です。締切後も随時受け付けますが、原則として申請を受け付けた月の利用額分からが対象になるので、早めに出すよう案内されています。交付決定後は10月と3月に利用状況の報告があり、領収書の提出を求められる場合があります。

諏訪市の「諏訪市フリースクール等利用児童生徒支援補助金」は、市のページが2026年3月24日に更新されています。対象は市内在住の児童生徒の保護者等で、申請日から前1年以内に在籍校におおむね30日以上登校していないこと、原則として信州型フリースクールとして認証を受けた施設に月1回以上通所していること、同じ経費で別の団体から補助を受けていないこと、市税の滞納がないことの4つ全てに当てはまる人です。補助率が世帯の区分で変わるのが特徴で、月ごとの利用料（入会費、入学費、交通費、教材費、実習費を除く）の3万円を限度に、就学援助制度の要保護世帯は100％、準要保護世帯は75％、その他の世帯は50％を補助します。

その他の世帯の場合、月の利用料が3万円以上なら上限の3万円に50％をかけた15,000円が目安になります。準要保護世帯なら22,500円、要保護世帯なら30,000円が目安です。実際の額は市が審査して決めるので、目安として受け取ってください。注意点として、施設に日額で利用料を払う場合は、在籍校の課業時間内に利用した分だけが対象です。

先に認定兼交付申請書と施設との契約内容がわかる書類を教育総務課に出し、認定兼交付決定通知書を受け取ります。そのあと4か月ごとに実績報告兼請求書と利用料の金額がわかる書類を出す形で、4月から7月分は8月中、8月から11月分は12月中、12月から3月分は翌年4月1日から20日までに提出します。

当サイトが2026年9月17日時点で公式ページを確認できたのは、長野市、松本市、諏訪市の3件です。ほかの市町村は「制度がない」と言い切るのではなく、「当サイトが公式ページで確認できていない」段階です。制度は年度ごとに新設や変更があるので、お住まいの市町村教育委員会に「フリースクールの利用料の補助はあるか」と一度聞いてみてください。全国の傾向はフリースクールの補助金｜自治体の制度と調べ方でも扱っています。

補助がない市町村でも、施設側との相談と出席扱いの手続きは今から進められます。次の節で見ます。

3つあります。1つ目は、見学や体験を使ってから決めることです。2つ目は、週1や週2など回数の少ないコースから始めることです。3つ目は、費用が厳しいことを施設に率直に伝えて、減免や分割の相談ができるか聞くことです。減免の有無は施設ごとに違い、公式サイトに書いていないことも多いので、見学のときに直接聞くのが確実です。費用の全体像はフリースクールの費用はいくら｜月謝の相場と助成にまとめています。

市町村の教育委員会が設置する教育支援センター（松本市では「教育支援センター（旧中間教室）」と案内されています）があります。利用の申込方法や条件は市町村ごとに違うので、お住まいの教育委員会に確認してください。フリースクールとの違いは教育支援センターとフリースクールの違いで扱っています。

在籍校の校長です。根拠は文部科学省が令和元（2019）年10月25日に出した通知「不登校児童生徒への支援の在り方について」の別記1で、学校外の施設での相談・指導が子どもの社会的な自立を目指すものであり、登校を希望したときに円滑な学校復帰ができるよう適切な支援をしていると評価できる場合に、校長は指導要録上出席扱いにできるとしています。要件には、保護者と学校の十分な連携・協力関係があること、施設に通所または入所して相談・指導を受けることなどがあり、民間施設が適切かどうかは校長が教育委員会と十分に連携して判断するとされています。

県教育委員会は「はばたき～不登校児童生徒の学びのサポートガイド～」をVol.1からVol.3まで公開しています。Vol.1には、出席扱いの判断や評価をする際の基本的な考え方として「校長は、不登校児童生徒の多様な学びを肯定的にとらえていくことを前提に判断していくことを第一義と考え、個々の児童生徒の状況に応じた判断を柔軟に行っていくことが必要です」と書かれています。学校に相談するとき、「県のサポートガイドも参考に検討してほしい」と伝える材料になります。

県に24時間の電話相談と、平日の電話教育相談があります。最後に相談窓口と施設の探し方を見ます。

一番手軽なのは、県教育委員会心の支援課の「学校生活相談センター（24時間子どもSOSダイヤル）」で、電話番号は0120-0-78310です。対象は長野県内に在住する児童生徒と保護者等で、夜間・休日を含めて24時間受け付け、匿名でも利用できます。メール相談もありますが、急ぐ場合は電話を使うよう案内されています。学校生活に限らない子どもや子育ての悩みは、こども・家庭課の「子ども支援センター」が月曜日から土曜日の10時00分から18時00分まで受け付けていて、子ども専用の無料ダイヤルが0800-800-8035、大人用が026-225-9330です。

県の電話相談窓口一覧に「電話教育相談」として、長野県総合教育センター（電話0263-53-8811）と各教育事務所の番号が載っています。学校生活や不登校など、教育上のあらゆる問題について保護者や児童生徒からの相談に応じていて、受付は平日9時00分から17時00分です。

2つの入口があります。1つは県のポータルサイト「kikka☆link」で、認証施設の一覧をエリアや区分で絞り込めます。もう1つは当サイトの長野県のフリースクール一覧で、公式サイトや加盟団体一覧で所在地と連絡先を確認できた施設を載せています。2026年9月17日時点では諏訪市のNPO法人 子どもサポートチームすわと長野市の一般社団法人 信州親子塾の2件で、どちらも対象は小学生・中学生・高校生年代、料金は当サイトでは未確認です。子どもサポートチームすわは県のポータルサイトで信州型フリースクール認証施設（学び支援型）として掲載されています。掲載が2件なのは当サイトが確認できた範囲で、県内の施設数がこれだけという意味ではありません。

県のポータルサイトで上田エリアや佐久エリアに絞って探すのが一つの方法です。近隣県の施設やオンラインも視野に入れると選択肢が増えます。当サイトに掲載している近隣県の施設には、次のようなものがあります。

3市の補助はいずれも市内在住が条件で、施設の所在地ではなく保護者の住所で判断されます。ただし松本市と諏訪市は県の認証施設に通うことが条件で、認証の対象は県内に所在する施設なので、県外の施設は対象になりにくい設計です。長野市は市が別に定める施設が対象なので、県外の施設が含まれるかは学校教育課に確認してください。近くに施設がないときの考え方は近くにフリースクールがない時の選択肢、オンラインの選び方はオンラインフリースクールの選び方で扱っています。近隣県の制度は山梨県のフリースクール助成と支援、群馬県のフリースクール補助金と費用にまとめています。

それが一番早い入口です。あわせて県のポータルサイトで上田エリアの認証施設を見ておくと、施設側が在籍校と連携する体制を持っているかの目安になります。子どもの様子を見ながら、無理のない回数から始めてください。